Как можно понять из названия, игра повествует о подводной лодке Курск, которую нам предлагается спасти, играя за агента ФСБ Беляеву. Главная героиня узнаёт о существовании секретной организации, которая крадёт чертежи российских систем вооружения. Её напарник внезапно исчез, когда пытался расследовать эти кражи и найти их заказчика, после чего поимка преступника становится для Беляевой делом чести.
След приводит её сначала в Мурманск, а потом к подводной лодке, где среди 130-ти членов экипажа скрывается шпион. Теперь Беляевой, а вместе с ней и игрокам, предстоит как в голливудском фильме собрать улики, опросить экипаж и выяснить, кто из них является преступником. Во время расследования стоит обращать внимание на мелочи – отпечатки пальцев, неточности в показаниях свидетелей и интонации собеседника могут помочь в поисках.
Сюжет разворачивается на улицах провинциального городка и в тесных помещениях подводной лодки. Помимо основной загадки игрокам предстоит столкнуться со множеством головоломок и паззлов, для решения которых понадобиться логика и внимательность, а также с несколькими видами мини-игр. Благодаря этому прохождение становится разнообразным и увлекательным, а мрачная атмосфера охоты на шпионов делает игру запоминающейся.