Мир, в котором происходит действие Subterraneus, страдает от перенаселения, но дефицита ресурсов он, к счастью, избежал. Всё благодаря революционной технологии переработки отходов, позволяющей почти бесконечно использовать в производстве одни и те же материалы. Главный герой по имени Клодомир буднично отправляется выбрасывать мусор, но вдруг теряет сознание. Просыпается он уже на подземной свалке. Оказывается, на многокилометровой глубине тоже кто-то живёт!
Игровой процесс вдохновлён классическими представителями жанра point-and-click. На двадцати локациях вас ждут сотни интерактивных объектов, которые нужно изучать, комбинировать и применять — причём не всегда стандартным способом. Разработчик (человек с ником CrazyKraken всё делал в одиночку) согласился немного облегчить игроку задачу, если тот зайдёт в тупик. В игре предусмотрено несколько уровней сложности, а также многослойная система подсказок.