Открытие Нового света изменило курс европейской истории. Ведущие страны ринулись покорять неизведанные континенты. Завоевание проходило разными методами: одни предпочитали грубую силу, другие наращивали влияние с помощью дипломатии, третьи совмещали обе тактики. Commander: Conquest of the Americas отправит игрока в XVI век и предложит на выбор одну из семи фракций, ищущих за океаном величия и богатства. Каждая нация обладает особенностями, позволяющими обставить противников неповторимым образом.
Игровой процесс заключается в поиске и основании колоний, торговле с потенциальными союзниками и взаимодействии с местными племенами. Действие разворачивается на территории, простирающейся от Карибского бассейна до Гудзона.
Важная часть геймплея — морские сражения. В битвах могут участвовать до тридцати кораблей, для которых существует два способа управления. Первый позволит объединять их в отряды и отдавать приказы, как это делается в стратегиях. Второй переместит вас непосредственно за штурвал судна.