Earth Atlantis берёт геймплейную формулу Monster Hunter и реализует её в необычном виде. Игрок садится в подводную лодку, отправляется на стильные локации, напоминающие зарисовки из старинных учебников, исследует их и охотится на редких опасных чудищ.
По сюжету в конце XXI века Землю постиг климатический катаклизм, в результате которого 96% территории планеты ушло под воду. На океанском дне появились гигантские роботы, принявшие форму ракообразных, рыб и другой живности. Работа главного героя — избавлять от них новый мир, где люди стали добычей.
Как и в серии от Capcom, протагонист должен выслеживать каждого монстра по следам, оставленным им в местах обитания. Всего в игре 25 крупных противников (а также куча мелких), четыре судна с уникальным оборудованием и 12 глобальных квестов. Исследование и бои проходят в стиле shoot ‘em up’ов, а сами уровни полны опционального контента.